許多色譜柱溫箱工作者在操作液相色譜時，色譜柱是在室溫環境下工作的，如果實驗室的溫度能保持不變的話，不會有什么大問題。但多數的工作環境溫度是不斷變化的，因此若想將在某實驗室開發的液相色譜方法應用到其他實驗室的話，溫度的差別就會引起較復雜的問題。

    色譜柱溫箱與流動相的溫度，影響著組分的分離平衡，對于使用柱溫箱的有益之處我們認為有以下幾點：

    1、可以使保留時間相對恒定，對需要進行的定性鑒別可提高其可信度；

    2、保留時間相對恒定是進行定量的基礎，不同的保留時間不僅不能判斷其成份的一致性，同時，由于保留時間不同峰面積也必將發生變化，其檢測結果的可信度將受質疑。

    3、溫差較大時，因保留時間不穩將增加檢測工作的麻煩。

    4、溫度低的時候，因流動相黏度增加而使檢測時間延長，同時增加泵的磨損，影響設備的使用壽命。

    5、溫度低的時候還因溶解度相對下降而出現緩沖鹽結晶而堵塞泵、進樣閥、管道、色譜柱的現象。

    6、溫度低時還因溶解度下降使雜質吸附在填料上而難于洗脫，從而影響色譜柱的使用壽命。

    對于流動相溫度的控制目前沒有很好的方法，即使是整個室內使用空調也難于使流動相的溫度保持一致，因此，目前大多采用控制柱溫的方法，使用柱溫箱能耗低，控溫精度高，色譜柱溫箱是液相色譜儀*的輔助設備，藥品標準中，有不少品種對柱溫也有明確要求。